La actual estructura curricular del Programa abarca dos áreas de concentración: Teología Bíblica y Teología Sistemática-Pastoral.
El Área de Teología Bíblica tiene una única línea de investigación: Análisis e Interpretación de Textos del Antiguo y Nuevo Testamento, con 8 proyectos.
El Área de Teología Sistemática-Pastoral tiene dos líneas de investigación: 1) Religión y Modernidad, con 13 proyectos; y 2) Fe y Cultura, con 10 proyectos.
Conforme a las líneas y proyectos se encuentran los cursos de Máster y Doctorado que ofrece el Programa.
Para concluir el doctorado, el estudiante debe completar 45 créditos durante los primeros 24 meses. En la distribución de estos créditos, al menos 30 créditos deben realizarse dentro del área de concentración a la que están vinculados, y 15 créditos en cursos optativos. La realización del curso "Seminario de Doctorado" es obligatoria. Los estudiantes pueden solicitar el aprovechamiento de los créditos de los cursos de postgrado hasta un máximo de 30 créditos.
Para concluir el máster, el estudiante debe completar 24 créditos en los primeros 12 meses. En la distribución de estos créditos, al menos 15 créditos deben realizarse dentro del Área de Concentración a la que se vincula, y 9 créditos en cursos optativos. La realización de la asignatura "Seminario del Máster" es obligatoria. Los estudiantes pueden solicitar el aprovechamiento de los créditos de los cursos de postgrado hasta un máximo de 9 créditos.